El Museo se emplaza donde estaba la casa patronal de la hacienda «La Viña de la Mar», propiedad de José Francisco Vergara y su mujer Mercedes Álvarez, fundadores de la ciudad, la que se derrumbó con el terremoto de 1906. Al año siguiente, el empresario español radicado en Valparaíso, Fernando Rioja Medel, compró las cuatro hectáreas y encargó la construcción de su nueva residencia al arquitecto francés, Alfredo Azancot, quien la diseñó inspirado en palacios franceses de la segunda mitad del siglo XVIII.
Su decoración interior estuvo a cargo de arquitectos y decoradores europeos, quienes abocetaron y adquirieron muebles, cortinajes, lámparas y textiles murales que llegaron desde España y Francia.
Al parque original, se agregaron nueve ejes, especies vegetales, construcciones y elementos decorativos, asimismo, se diseñaron senderos de palmeras e incorporaron plantas exóticas de enorme valor científico, algunas casi únicas, provenientes de China, África y Brasil.
Rioja habitó la mansión con su esposa y nueve hijos hasta su fallecimiento, en 1922. La Ilustre Municipalidad de Viña del Mar la adquirió con el mobiliario original en 1956, destinándola primero como sede de la Alcaldía hasta 1978, luego Palacio Ceremonial y finalmente en uno de los Museos de Artes Decorativas más importantes del país.
